В 1998 г. начата проработка вопросов использования тоннеля для задач физики высоких энергий и космических лучей.
Одним из вариантов использования тоннеля УНК является размещение нейтринного детектора для изучения осцилляций нейтрино. Источником этих нейтрино могут быть ускорительные установки в Японии (JHF), Германии (GSI) или США (MI).